故事的開頭大家都知道了。Kal-El被父母送離即將毀滅的氪星，落到Smallville被Kent夫婦收養。而Bruce Wayne在犯罪巷失去了父母，從此成為孤兒。二人多年後在遊輪上才得以相認。但這個故事與以往不同。這一次，Clark和Bruce成了Kent兄弟。

一天，Smallville孤兒院的Swan夫人拜訪Kent家。作為白銀時代僅有四格出場的龍套，Swan夫人顯得格外迷人，甚至被描上了連故事主角都沒有的下眼睫毛。當然，當我們知道故事繪師名為Curt時，這就不足為奇了。孤兒院看Kent家把Clark照顧得這麼好，希望他們能再收養一個兒子。Martha開始擔心Clark的Superboy身份會曝光，有些不情願。Swan夫人解釋道，父母雙亡的Bruce急需家庭的溫暖，就算是臨時的也好。Martha這才覺得Clark一個人挺孤獨的，有個人陪陪也挺好，於是答應和Jonathan商量一下。

不久，Superboy回家時被爸爸趕著去換便裝，出房間才發現爸媽收養了個新兒子Bruce Wayne。正當Clark擔心著自己的秘密身份時，Martha說他能有個小夥伴一起做事就不會孤單了.於是懷著試一試的心態，Clark和Bruce當起了兄弟。

在學校，Clark細緻入微地觀察Bruce的日常。低調如Clark才不會讓優異的成績暴露自己的身份，但沒有這種顧慮的Bruce門門課都拿了第一。Kent家的人都是書蟲，可Clark沒見過Bruce這樣心無旁騖地鑽研大學有機化學教材的。在學校被人欺負時，Clark不會跟人對著打，而Bruce直接把比自己高出一截的傢伙打翻。更重要的是，Bruce似乎沒注意到為他歡呼的人群，而是沉浸在了一種類似復仇的情緒中。

在學校外，Bruce的舉止也很奇怪。顯然，當年Smallville有坦克幫這種酷炫組織在搶銀行。Clark趁Bruce不注意換裝成Superboy，徒手撕了坦克，抬頭發現Bruce在拍照。可他仔細一看，進入Bruce鏡頭的不是自己，而是搶匪們。

回到家，斯托卡Clark開始翻Bruce的抽屜，發現了一沓罪犯照片、手法筆記、警方記錄之類的，懷疑Bruce把這些傢伙當做偶像。晚上，正要出去巡邏的Superboy發現Bruce大半夜的不睡覺，卻在製作嚇人的面罩斗篷、武器腰帶。Clark十分擔心，難道自己的兄弟是個罪犯？

幾天後，Clark在床上裝睡，聽到身後的Bruce披掛上裝備就出門了，而幾小時后帶回了一袋珠寶。Clark繼續裝睡，想先確定Bruce把贓物藏在哪裡，然后勸他結束犯罪生涯。不料Bruce在黑暗中碰開了他的暗門，發現了裡面藏著的Superboy機器人和秘密實驗室，發覺Clark正是Superboy。

Clark身份暴露，沒法繼續裝睡了。他嚷嚷著Bruce辜負了自己、早該阻止他之類的，和他扭打在了一起。Bruce讓Clark給他一個解釋的機會。Clark好心給了他六十秒，卻被他掏出的氪石搞得快暈過去。癱倒在地的Clark覺得自己這下要完蛋了。

可Bruce把氪石收了起來，解釋道自己不是小偷也不是謀殺犯，而是他們的敵人，自己父母兇手的敵人。當晚，Bruce在一番打鬥后把珠寶搶匪送到了警局，而自己扣下了贓物，準備隔天還給珠寶行。這下一切謎團都解開了。Clark從此不讓Bruce單獨行動，而是攜手和他組成了Superboy和Batboy團隊。

時光飛逝，轉眼Bruce就滿21歲了。他隻身搬回了Gotham的Wayne莊園，驚喜地發現Kent一家也搬了過來。Clark本來打算到星球日報應聘，可為了不和Bruce分離而轉投高譚公報。不久，Lex Luthor來Gotham搗亂，卻發現Superman和Batman完全沒聽說過他，還把他丟進監獄了。Lex開始醞釀越獄和復仇計劃。

幾天後，Kent夫婦去慈善市集幫忙。Superman本來打算和Batman一起去尋找越獄的Lex，卻發現Oak市的核電站出了故障，只能讓Batman先走一步。Batman接到了警方電話，得知Lex襲擊了東區的慈善市集，也就是爸爸媽媽去幫忙的地方。Batman飛車趕了過去，而出現在他面前的是Lex古怪的飛艇，裡面困著他綁架的人質。

不知是運氣太好還是太不好，Lex綁架的正是Kent夫婦。核電站故障只是Lex的調虎離山之際，而他更是揚言如果Batman不登船就炸死他們。為了不讓犯罪巷慘案重演，Batman明知是陷阱也衝了進去。在突破了熱射線、機器人、反物質鐳射等重重險阻后，Batman來到了關押爸媽的船艙前。這時，Lex引爆了炸彈，覺得Batman這下必死無疑。

Kent夫婦雙雙被炸死，而狂怒的Batman從廢墟中站了起來，抓起Lex就往死裡打。要不是警察及時趕到阻止Batman，Lex的小命就不保了。被攔下的Batman失聲慟哭，離開了現場。

在Gotham，Batman再次經受了失去雙親的打擊。他決定把Wayne基金會留給Clark保管，自己從此遠離Gotham，四處遊歷，尋找寧靜。可Superman看不下去了，把Batman包進披風帶到了30世紀。在那裡，Batman加入了Legion of Super-Heroes。

最後，Superman回到了1967年的過去，守護他的Gotham。Batman留在了2984年的未來，守護他的Metropolis。