有一天，Superman失蹤的消息傳遍了世界，同時消失的還有Daily Planet記者Clark Kent。媒體推測Superman的好朋友Clark是去找他了。Bruce Wayne和Dick Grayson聽到消息后決定立刻做些什麼，不然人們就要懷疑Superman的秘密身份了。Batman想起Superman失蹤前曾告訴他自己在調查跑到南美某個小漁村的騙子Floyd Frisby。擔心Superman出了什麼意外，Batman和Robin換好制服開蝙蝠機到那裡去調查。

其实，Superman剛到漁村就碰到了火山噴發。為防止漁村被破壞，他馬上動手把壓力疏導到遠方。村子是脫了險，可他自己卻被炸飛了。一個視力很好的漁民看到Superman被炸飛到密林，急忙通知了村落。騙子Frisby聽到這消息鬆了口氣。

可好景不長，擔心好友安危的Batman和Robin來到漁村，責怪村民們不及時通知當局。村民攤手表示怪我咯，村子幾乎與世隔絕，只有送信的飛機一個月来一次。村民警告Batman和Robin密林里潛伏著各種危險，可二人為尋找好友還是衝了進去。Frisby偷偷跟在他們後面：如果密林不幹掉Batman和Robin，他會親自動手。

跨過高山低谷，繞過急流猛獸，Batman和Robin在密林深處發現一片被撞得東倒西歪的樹，認定這就是Superman落地的地方。突然，Robin發現了一夥人向他們靠攏，喊著小心印第安人，衝上去就給領頭的來了一拳。扭打中Batman發現對方本無敵意，趕緊解釋說我的朋友只是個孩子，我們也無敵意。領隊決定把活力雙雄帶回去带回去，讓國王定奪他們的命運。

一行人來到了隱藏在深谷中的秘密城市，Batman意識到這些英語流利的人一定是來自與世隔絕的瑪雅部落。二人被帶到了宮中，驚訝地發現他們口中的國王正是Superman。穿著藍緊身衣紅披風內褲的國王見到二人說你們的服裝真奇怪，但如果你們真無敵意的話我們歡迎你們。一頭霧水的Robin剛要張口卻被Batman捂住了嘴。Batman感謝了國王的好客，而國王讓他們先吃點東西，參觀一下城市。

在客房，Robin不明白Superman為什麼要裝作不認識他們，了解好友的Batman表示他這不是裝，是真失憶了。二人問端飯來的年輕人Superman是怎麼當上國王的，於是年輕人向他們展示了壁畫上新國王的豐功偉績。部落曾在他空降時攻擊他，可長矛一碰到他就折斷了。部落意識到這就是傳說中將要重建他們城市的強大勇士。新國王不負眾望修復了金字塔，還建起了巨型雕像。

突然，Batman和Robin得知有人向國王告狀說他們是壞人。他們很快發現這正是騙子Frisby惡人先告狀，說躲在面具後面的二人一定是罪犯。失憶的Superman一聽有道理，命令他們脫下面具。Batman可不想在Frisby面前露臉，趁Superman沒防備把他推向了立柱，自己和Robin趁機Superman忙著修復被砸壞的建築時逃跑。Superman命令搜查城市，而Frisby問部落要了賞金。

Batman和Robin逃進金字塔，可他們知道自己不用一直躲下去，因為就算不被部落找到，他們也會被Superman的X視線發現。他們找到了一間禮堂，發現了裡面存放著的神聖羽衣。Batman讓Robin去其他房間找畫壁畫的顏料，自己披上羽衣裝作印第安神Kotcl衝了出去，控訴Frisby的罪行。Frisby一看這就是Batman裝的，讓他脫下偽裝。Batman把他打暈后又跑回了金字塔，Superman也追了進去。

Batman把Superman引到金字塔深處，迎接他們的是隱藏大手Robin畫的新壁畫：Clark Kent變身為Superman的瞬間。Superman一看覺得這略眼熟，Batman說這就是Superman你啊，還有你的秘密身份Clark Kent說。在自己最深的秘密面前，Superman終於想起自己是誰了。立了功的Robin又要把自己剛完成的傑作蓋掉，以保護Superman的秘密身份。

三人相認後向印第安人告別，離開Superman的秘密王國，把Frisby引渡回國。搭上了Superman的順風車，Batman當然不介意把來時開的蝙蝠機留在南美漁村了。